As fundações de direito privado são acompanhadas pelo Ministério Público desde a sua instituição até o encerramento das suas atividades, devendo no decorrer da sua existência submeterem a este órgão o registro de todos os atos que possam trazer repercussão patrimonial, bem como apresentar anualmente as suas prestações de contas através do Sistema SICAP para apreciação do Ministério Público.

A atuação no Terceiro Setor também se relacionada ao acompanhamento das associações que desenvolvem ações de interesse social, a fim de que se evite mal uso de recursos públicos, bem como prejuízo aos seus associados e às comunidades assistidas.